Despois de establecerse en Green Hills, Sonic morre por demostrar que ten madeira de auténtico heroe. A proba de lume chega co retorno do malvado Robotnik, nesta ocasión cun novo colega, Knuckles, en busca dunha esmeralda que ten o poder de destruír civilizacións. Sonic forma equipo co seu propio compañeiro de fatigas, Tails, e xuntos lánzanse a unha aventura que lles levará por todo o mundo en busca da prezada pedra para evitar que caia en mans equivocadas.