A Axencia para a Investigación e Defensa Paranormal (AIDP) encomenda a Hellboy a tarefa de derrotar a un espírito ancestral: Nimue, coñecida como "A Raíña do Sangue". Nimue foi a amante do mismísimo Merlín durante o reinado do Rey Arturo, del aprendeu os feitizos que a levaron a ser unha das bruxas máis poderosas… Pero a tolemia apoderouse dela e aprisionó ao mago para toda a eternidade. Hai séculos conseguiron acabar con esta vilá, enterrándoa profundamente, pero volveu de entre os mortos coa intención de destruír á humanidade coa súa maxia negra.