En X-MEN: FÉNIX OSCURA, los X-MEN se enfrentan a su enemigo más formidable y poderoso: uno de sus miembros, Jean Grey. Durante una misión de rescate en el espacio, Jean casi muere al ser alcanzada por una misteriosa fuerza cósmica. Cuando regresa a casa, esta fuerza no solo la ha hecho infinitamente más poderosa, sino también mucho más inestable. Mientras lucha con la entidad que habita en su interior, Jean desata sus poderes de formas que no puede controlar ni comprender. Jean cae en una espiral fuera de control haciendo daño a aquellos que más ama y empieza a destruir los lazos que mantienen unidos a los X-Men. Mientras su familia se desmorona, deben encontrar la forma de unirse, no sólo para salvar el alma de Jean, sino también para salvar el planeta de unos alienígenas que quieren transformar esta fuerza en un arma y conquistar la galaxia.